Formation NGS

Data pour formations NGS:

DATA 1 :

https://zenodo.org/record/3977236/files/female_oral2.fastq-4143.gz

Formation CQ avec un fichier,

faire FASTQ et utilser Cutadapt avec la séquence, pour custom séquences

CTGTCTCTTATACACATCT

DATA 2 : paire end

https://zenodo.org/record/61771/files/GSM461178_untreat_paired_subset_1.fastq
https://zenodo.org/record/61771/files/GSM461178_untreat_paired_subset_2.fastq

utiliser Cutadapt Pair end

DATA 3 : CQ pour des long read

https://zenodo.org/api/files/ff9aa6e3-3d69-451f-9798-7ea69b475989/m64011_190830_220126.Q20.subsample.fastq.gz

utiliser Nanoplot  pour le CQ

DATA 4 : CQ pour NANOPORE uniquement

utiliser PycoQC

https://zenodo.org/api/files/ff9aa6e3-3d69-451f-9798-7ea69b475989/nanopore_basecalled-guppy.fastq.gz
https://zenodo.org/api/files/ff9aa6e3-3d69-451f-9798-7ea69b475989/sequencing_summary.txt


Bilan analyse:
  • Short Reads: FASTQE
  • Short+Long: FASTQC
  • Long Reads: Nanoplot
  • Nanopore only: PycoQC