A Combination of Real-Time PCR and High-Resolution Melting Analysis to Detect and Identify CpGV Genotypes Involved in Type I Resistance

1
LGEI, Ecole des Mines d’Alès, Institut Mines-Télécom et Université de Montpellier Sud de France, 6 Avenue de Clavières, 30100 Alès, France
2
Ecole de l’ADN, 13 Boulevard Amiral Courbet, 30000 Nîmes, France
3
INRA, 6 Avenue de Clavières, 30319 Alès, France
*
Author to whom correspondence should be addressed.
Viruses 2019, 11(8), 723; https://doi.org/10.3390/v11080723
Received: 28 May 2019 / Revised: 26 July 2019 / Accepted: 2 August 2019 / Published: 6 August 2019
(This article belongs to the Special Issue Insect Viruses and Pest Management)

Abstract

Cydia pomonella granulovirus, in particular CpGV-M isolate, is used as a biological control against the codling moth (CM), Cydia pomonella. As a result of intensive control over the years, codling moth populations have developed resistance against this isolate. This resistance is now called type I resistance. Isolates, among them, CpGV-R5, have been found that are able to overcome type I resistance. Both CpGV-M and CpGV-R5 are used in orchards to control the codling moth. High resolution melting (HRM) has been adapted to differentiate between CpGV-M and CpGV-R5 isolates. Specific PCR primers have been designed for the CpGV p38 gene, encompassing the variable region responsible for the ability to overcome resistance. Because each amplicon has a specific melting point, it is possible to identify the CpGV-M and CpGV-R5 genotypes and to quantify their relative proportion. This method has been validated using mixtures of occlusion bodies of each isolate at various proportions. Then, the HRM has been used to estimate the proportion of each genotype in infected larvae or in occlusion bodies (OBs) extracted from dead larvae. This method allows a rapid detection of genotype replication and enables the assessment of either success or failure of the infection in field conditions. View Full-Text

CRISPR/Cas: stratégies de screening génomique post génome editing

Conférence réalisée dans le cadre du VWR tour à Nantes, le mardi 18 juin 2019 à la cité des congrès à Nantes

Conférence téléchargeable réalisée par C. Siatka

Programme de la journée

Salle 1

18.06.2019
09:45-10:30 Christian SIATKA, Généticien – Toxicologue, Directeur de l’École de l’ADN de Nîmes
18.06.2019
11:30-12:15 Christian BLEUX, Chargé de Mission ; Responsable de la cellule de contrôle des OGM manipulés en milieu confiné, Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche
18.06.2019
13:45-14:30 Dr. Franck ZAL, Fondateur, Directeur Scientifique & CEO – Hemarina Médaille de Bronze du CNRS 2001, Breton de l’Année 2018 Hemarina : Prix EY de la Start-up de l’année 2018, Victoire de l’Entreprise Innovante aux Victoires de la Bretagne 2018
18.06.2019
15:00-15:45 Fabrice RIBLET, Docteur en Chimie Physique, Fondateur du Jardin Expérimental, ancien Professeur de l’École Polytechnique Fédérale de Lausanne
Salle 2
18.06.2019
09:45-10:30 Constantin DALLOT, Docteur en Science de la Vie et de la Santé, Pharmacien spécialisé en Toxicologie Humaine et Environnementale, France Chimie (ex UIC)
18.06.2019
11:30-12:15 Capitaine Élodie HANNS, Expert Judiciaire Cours d’Appel de Versailles / Gendarmerie Nationale Sylvain HUBAC, Chef d’escadron, Chef du Service Central d’Analyse Génétique de la Gendarmerie
18.06.2019
13:45-14:30 Stéphane ORTU, Délégué Général ASPEC, réseau pour la prévention et l’étude de la Contamination
18.06.2019
15:00-15:45 Aurore GELY-PERNOT, Maître de Conférence à l’EHESP (École des Hautes Études en Santé Publique) / IRSET, Département Santé, Environnement, Travail et Génie Sanitaire

CRISPR-Cas9, OGM, éthique, où en sommes-nous ?

Le mardi 21mai à 19h au bar O’Flahertys, 21 Boulevard Amiral Courbet à Nîmes

La technologie CRISPR-Cas9 permettrait d’éditer les génomes à volonté. Co-fondée par Emmanuelle Charpentier (Prix Louis Jeantet, 2015), son efficacité a été démontrée par des applications variées dans l’agroalimentaire, la santé (principalement la thérapie génique, les maladies infectieuses, l’oncologie, la neurologie), mais aussi les biotechnologies et la biologie synthétique.
Évidemment, le fait de pouvoir modifier notre code génétique «à la carte» soulève de nombreuses questions sur les aspects éthiques, en particulier depuis les premières expériences sur des embryons humains…

par Christian Siatka (Directeur de l’école de l’ADN)

les réflexions de bioéthique de l’Ecole de l’ADN – 2019

INVITATION

Les réflexions de bioéthique de l’Ecole de l’ADN

Événement libre à accès gratuit sur inscription

le vendredi 29 mars 2019 de 14 à 17h

Sur se le site de  l’Université de Nîmes Site de de Vauban

en partenariat avec

Cet événement annuel a pour objet de faire le point sur des questions et des problématiques d’éthique liées à des interrogations citoyennes.

À ce titre, les priorités de l’école résident dans l’information du citoyen et des professionnels sur les aspects réglementaires, déontologiques et éthiques que doivent concilier les innovations scientifiques, mais également dans l’apport d’un éclairage sur les nouveaux développement scientifiques et médicaux avec les débats éthiques qu’ils soulèvent inévitablement. Dans une volonté de démarche transdisciplinaire, cet événement regroupe des spécialistes de différents horizons qui vont présenter l’état de la Science, de la Règlementation et des enjeux Bioéthiques sur plusieurs sujets d’actualité. Ces nouvelles frontières médicales et les débats qu’elles suscitent sont majeurs et concernent chaque citoyen car elles préfigurent la médecine et la société de demain.

Cette année deux thèmes seront abordés indépendamment sous forme de table ronde afin de nous éclairer sur:

  • les avancées de la génétique et diagnostic associé,
  • le devenir de l’embryon et les cellules souches embryonnaires.
Coordination: John de Vos - INSERM & Christian Siatka – Ecole de l’ADN

les intervenants :

  • Pr Philippe Berta, Université de Nîmes
  • Dr Anne Cambon Thomsen, Université de Toulouse,
  • Dr Jean Chiesa, généticien CHU Nîmes,
  • Pr John De Vos CHU montpellier,
  • Dr Vincent Grégoire-Delory, directeur de l’École Supérieure d’Éthique des Sciences et de la Santé (ESESS), Toulouse
  • Dr Christine Dosquet Présidente du Comité d’Evaluation Ethique de l’INSERM
  • Pr David Genevieve, CHU montpellier,
  • Pr Paul Landais CHU de Montpellier,
  • Dr Christian Siatka, Ecole de l’ADN

 Type de public visé : Grand public

Conditions de participation gratuité

Contact Christian Siatka – siatka@ecole-adn.fr

 

21ème édition de la Semaine du cerveau

En collaboration avec UNÎMES, l’École de l’ADN participe à la 21e Semaine du Cerveau qui aura lieu du 11 au 17 mars 2017 dans une centaine de pays et dans plus de 120 villes en France. L’université de Nîmes accueillera 2 conférences sur le site des Carmes les 12 et 14 mars 2019.

Depuis 1998, la semaine du cerveau s’est donné pour objectif de sensibiliser le grand public à l’importance de la recherche sur le cerveau. Durant une semaine des chercheurs, médecins et étudiants bénévoles rencontreront le public et partageront avec lui les avancées obtenues dans les laboratoires de recherche en neurosciences, en présenteront les enjeux pour la connaissance du cerveau et les implications pour notre société.

Deux conférences auront lieu à l’université de Nîmes :

  • Nouvelles approches thérapeutiques multi-cibles contre la pathologie d’Alzheimer

par Patrizia Giannoni, maître de conférences en biologie à UNÎMES, membre de l’équipe d’accueil CHROME

La maladie d’Alzheimer est aujourd’hui l’une des pathologies les plus dévastatrices et représente des enjeux sanitaires et économiques à l’échelle mondiale. La complexité de cette pathologie a rendu très difficile la recherche de traitements efficaces. Des thérapies complexes font actuellement l’objet de plusieurs études et représentent de nouvelles stratégies prometteuses dans la lutte contre la maladie d’Alzheimer.

  • Cerveau et neurologie

par Pr Eric Thouvenot, Neurologue, Chef de Service Neurologie, CHU de Nîmes

Le Professeur Eric Thouvenot, neurologue chef de service au CHU de Nîmes, fera le point sur les dernières avancées cliniques en neurologie et sur les dernières avancées diagnostiques et thérapeutiques. Il sera question de la Sclérose en Plaques, du lien entre inflammation et neurodégénérescence comme modèle de maladies neurologiques chroniques.

Informations pratiques :

Nouvelles approches thérapeutiques multi-cibles contre la pathologie d’Alzheimer

Mardi 12 mars 2019 de 18h à 19h30

Cerveau et neurologie

Jeudi 14 mars 2019 de 18h à 19h30

Site des Carmes, Place Gabriel Péri, 30000 Nîmes – Amphi A1

Conférences gratuites et ouvertes à tous

Plus d’informations : unimes.fr

Contact :

Elodie Jamet, Service Communication – communication@unimes.fr / 04 66 36 46 26

des ateliers sur la biodiversité

Ateliers scientifiques lycéens de février à fin avril 2019
au bénéfice du Lycée Philippe-Lamour

Madame Véronique GARDEUR-BANCEL, Adjointe au Maire de Nîmes Déléguée à l’Enseignement Scolaire est venue lancer cette inauguration en présence de notre Président le généticien Philippe Berta.

l’Ecole de l’ADN est associée à un projet coordonné par Le Muséum d’Histoire Naturelle autour de labotanique et de l’Evolution.
Cette action de culture scientifique et d’enseignement se fait au bénéfice du Lycée Philippe-Lamour et concerne 11 classes de seconde ce qui représente environ 350 élèves et ce qui est une première àl’échelle d’un lycée et de nos structures respectives.
Depuis plus d’un an, le lycée travaille sur un projet ayant pour thème « l’arbre” et le parrain de l’opération est Francis Hallé. Un arbre a été planté lors du lancement du projet en sa présence.
Une des enseignantes qui coordonne ce projet est Maryline Groussac avec qui le Muséum travaille depuisquelques années, elle est aussi responsable de la formation en SVT à la Faculté d’Education.
Les activités réalisées seront déclinées sur 3 pôles, les enseignants exploiteront et poursuivront ce travail en classe.
• Initiation à la Botanique (Comprendre la classification des grandes familles de plantes, Utiliser une clé
de détermination simplifiée, Comprendre l’intérêt des herbiers dans les Muséums).
L’atelier s’organise autour de plusieurs activités :
– Observer l’organisation d’une fleur à la loupe binoculaire et utiliser une clef simplifiée des grandes
familles ;
– Apprendre les mots de vocabulaire ;
– Déterminer une plante grâce à une clef simplifiée des plantes de garrigue ;
– Faire une planche d’herbier.
• Approche des principes de l’Evolution : Grâce au jeu le Trivial évolution, aborder de façon ludiqueles bases de la théorie de l’Evolution.
• Au coeur de la cellule : initiation à la génétique et aux biotechnologies appliquées à la botanique et à l’évolution grâce à un atelier de découverte animé par l’Ecole de l’ADN.
Ensuite, les enseignants exploiteront et poursuivront ce travail en classe.
La venue des classes commence ce vendredi 8 février et s’étale jusqu’au mois d’Avril.

2019 : Une année d’anniversaire pour les sciences naturelles !

2019 : Une année d’anniversaire pour les sciences naturelles !

La nature, l’organisation des formes vivantes, ont fascinés l’Humanité depuis l’Antiquité Grecque. Le premier penseur grec à s’être penché sur la question de l’organisation des animaux, de leur classification, est Aristote, notamment au travers de trois de ses écrits fondamentaux : « Histoire des animaux » (343 av. J.-C.) ; « Les parties des Animaux » (entre 343 et 330 av. J.-C.) et, « De la génération des animaux » (~330 av. J.-C.). Ces œuvres marquent le commencement de la longue histoire d’une discipline à part entière : Les sciences naturelles.

Les sciences naturelles se définissent comme « l’étude de la vie sur la Terre et de sa biodiversité » (1), pouvant se traduire également sous la formulation suivante : « ensemble formé par les sciences de la vie et celles de l’écosystème ayant permis l’éclosion de la vie » (2).

Pourquoi dire que 2019 est une année d’anniversaire pour les sciences naturelles ? Car celle-là marque une postérité importante évoquant des dates synonymes de tournants en matière de compréhensions, de connaissances en sciences naturelles et évolutives :

  • 160ièm anniversaire de la publication de l’ouvrage magistral du naturaliste anglais Charles DARWIN : «On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life » (1859), œuvre fondatrice du darwinisme.
Photo de la statue de Charles Darwin au Muséum d’Histoire Naturelle de Londres  (Darwin Center). ©S.SAUVAGERE.
  • 210ièm anniversaire de la publication, par le père de la conceptualisation du terme de biologie au sens contemporain du terme ; Jean-Baptiste Chevalier de LAMARCK : « La Philosophie Zoologique» (1809), dans laquelle il élaborera sa théorie du transformisme.
Monument à Lamarck au Jardin des Plantes du Muséum d’Histoire Naturelle de Paris réalisé par le sculpteur Léon Fagel (statue inaugurée le 13 Juin 1909). 
  • 230ièm anniversaire de l’achèvement d’une encyclopédie « naturelle » monumentale (36 volumes) du très grand naturaliste français ; Georges-Louis Leclerc Comte de Buffon : ” Histoire naturelle, générale et particulière, avec la description du Cabinet du Roy” (1789), œuvre illustrant la diversité du vivant avec des iconographies splendides.
Statue de Georges Louis Leclerc Comte de Buffon au Jardin des Plantes du Museum d’Histoire Naturelle de Paris réalisée par le sculpteur Jean Carlus (1883). © 2012 Pierre Thomas.

Le XXIème siècle est marqué par une crise biologique sans précédent. En effet, le déclin de la biodiversité actuel est sans appel, comme le prouve l’un des derniers calculs du « Living Planet Index » (« Index de Planète Vivante ») par le WWF (World Wide Fund for Nature), faisant acte d’une perte des  populations fauniques naturelles, à l’échelle planétaire, d’environ 60% entre 1970 et 2014 (3). A l’échelle du territoire nationale (DROM-COM compris), selon les dernières données de L’Observatoire National de la Biodiversité datant de fin 2018, 26% des espèces évaluées présentent un risque de disparition au niveau français (4).

Ainsi, il est du ressort de l’Humanité, pour la préservation de l’équilibre dynamique des écosystèmes et de sa propre survie, que de prendre en considération de façon urgente cette érosion massive de la biodiversité et de mettre en place les mesures qui s’imposent pour la préservation de la diversité du vivant. Prenons exemple sur ces grands naturalistes du XVIIIème et XIXème siècle pour lesquels la nature et les formes vivantes étaient avant tout un spectacle à observer et à comprendre ; Charles DARWIN l’illustre bien par cette citation : « The love for all living creatures is the most noble attribute of man ».

  • François Ramade. (2008), « Dictionnaire encyclopédique des sciences de la nature et de la biodiversité », Dunod, Paris.
  • Andler, D., Fagot-Largeault, A., & Saint-Sernin, B. (2002), « Philosophie des sciences », Gallimard, Paris, p.495.
  • 2018. Living Planet Report – 2018: Aiming Higher Grooten, M. and Almond, R.E.A. (Eds). WWF, Gland, Switzerland.
  • Moreau, S., Lévêque, A., Cerisier-Auger, A. (2018). «Biodiversité-Les Chiffres Clés-Edition 2018», Datalab n°48, Agence Française pour la Biodiversité (AFB), Observatoire National de la Biodiversité (ONB), Service de la donnée et des études Statistiques (SDES), Paris.

 

Stéphane Sauvagère

Fête de la Science 2018 – A Nîmes

https://www.unimes.fr/_contents-images/ametys-internal%253Asites/default/ametys-internal%253Acontents/fete-de-la-science-2018-actualite/_metadata/illustration/image_max150x150/GardA3-2018-1.jpg?objectId=defaultWebContent%3A%2F%2F31132a0f-8174-4be3-aa41-a4dc296cfa3cLes 6 et 7 octobre, enfants et adultes pourront découvrir l’impact de la science sur notre vie quotidienne grâce à des ateliers et conférences animés par les étudiants, enseignants et chercheurs de l’université de Nîmes et ses partenaires au Village des Sciences sur le site des Carmes. Pour la première fois, les 9 et 11 octobre, plus de 600 élèves gardois investiront le site Vauban pour découvrir les mystères de l’ADN et de la bioluminescence à travers des conférences et des expériences proposées par l’INSERM et l’Ecole de l’ADN

Village des Sciences : 15 ateliers, 2 conférences et des visites guidées des laboratoires

Cette année, le thème national de la Fête de la Science est « La lutte contre les idées reçues et les fausses informations ». Bastien Trémolière, enseignant-chercheur en psychologie à UNÎMES, proposera plusieurs ateliers explorant cette problématique :
– Un atelier autour de la difficulté à ignorer les fausses informations même lorsque nous savons qu’elles sont erronées.
– Un atelier ludique constitué de tests invitant à prendre conscience de ses stéréotypes « implicites » pour mieux les dépasser.
– Un atelier sur les illusions perceptives.

2 autres thématiques seront abordées :

  •  L’eau avec une conférence de Corinne Le Gal La Salle, enseignant-chercheur à UNÎMES, sur l’occurrence des pharmaceutiques dans les cours d’eau et eaux souterraines mais aussi des ateliers pour répondre à des questions fréquentes : Quelles conséquences du changement climatique sur la ressource en eau ? D’où vient l’eau que nous buvons ? Pourquoi les écosystèmes aquatiques suffoquent ? 
  • L’évolution avec un atelier/jeu ludo-éducatif sur l’évolution des espèces et notamment des mammifères, animé par Christian Siatka (Ecole de l’ADN), et une conférence de Marie-Laure Parmentier (DR2 INSERM) sur les enseignements sur la biologie humaine tirés de l’étude de la mouche.

Et aussi, plusieurs ateliers autour de thématiques variées :

  • Apprendre à mieux connaitre son cerveau pour améliorer ses performances cognitives
    par Patrizia Giannoni, enseignante UNÎMES, et des étudiants UNÎMES
  • « Venez prendre l’air » : Constructions participatives d’hélices et de mobiles à mettre en mouvement
    par Alain Verpillot
  • Les innovations apportées par la biotechnologie dans notre quotidien
    par Valentin Duvauchelle, doctorant UNÎMES, et des étudiants de l’université
  • Découverte ludique des conditions de travail dans un milieu industriel sensible
    par Orano-Melox
  • Observation de bactéries et enquête pour identifier la bactérie responsable de la maladie d’un patient
    par Anne Keriel (INSERM).

Près de 1500 visiteurs sont attendus sur ces deux jours.

Accueil de PLUS DE 600 élèves gardois : LES MYSTères de la bioluminescence

La bioluminescence se traduit par l’émission de lumière froide par des êtres vivants comme les lucioles ou certains crustacés (ostracodes). Comment expliquer ce phénomène biologique et quelles peuvent en être les applications ? Zoé Vallet et Christian Siatka, de l’Ecole de l’ADN, proposeront aux écoliers et collégiens de se pencher sur le principe de la bioluminescence grâce à une animation scientifique sous forme théâtrale : « OBNI : Objet Brillant Non Identifié ». Avec le visionnage d’un extrait du film « Le Monde de Nemo », il attirera l’attention des élèves sur cette énigme de la nature : comment la lumière est-elle produite au sein des abysses ? Il leur proposera ensuite deux expériences pour tenter de résoudre ce mystère scientifique.
Informations pratiques

  • VILLAGE DES SCIENCES – Université de Nîmes, site des Carmes

Manifestation gratuite et ouverte à tous
Ateliers ouverts les samedi 6 et dimanche 7 octobre de 9h30 à 17h30
Conférence « De la mouche à l’homme » par Marie-Laure Parmentier (INSERM) samedi 6 octobre à 14h
Conférence « L’occurrence des pharmaceutiques dans les cours d’eau et eaux souterraines » par Corinne Le Gal La Salle dimanche 7 octobre à 14h
Visites guidées des laboratoires : réservation obligatoire au 04 66 27 95 51 ou sur place à l’accueil – Samedi 6 et dimanche 7 octobre à 10h, 11h, 14h et 15h
En savoir plus : programme complet  (Attention : les deux ateliers de l’INRAP ont été annulés)

  • ACCUEIL DES SCOLAIRES – Université de Nîmes, site Vauban 

« Objet brillant non identifié »

Mardi 9 octobre de 9h à 11h pour les écoliers, conférence animée par Zoé Vollet, école de l’ADN
Jeudi 11 octobre de 9h15 à 11h15 pour les collégiens, conférence animée par Christian Siatka, école de l’ADN