Archives de l’auteur : Pr C. Siatka

A propos Pr C. Siatka

Directeur général, généticien

A Combination of Real-Time PCR and High-Resolution Melting Analysis to Detect and Identify CpGV Genotypes Involved in Type I Resistance

Posted on by

Aurélie Hinsberger 1, Stéphane Theulier Saint Germain 2, Patrice Guerrero 2, Christine Blachère-López 1,3, Miguel López-Ferber 1 and Sandrine Bayle 1,*
1
LGEI, Ecole des Mines d’Alès, Institut Mines-Télécom et Université de Montpellier Sud de France, 6 Avenue de Clavières, 30100 Alès, France
2
Ecole de l’ADN, 13 Boulevard Amiral Courbet, 30000 Nîmes, France
3
INRA, 6 Avenue de Clavières, 30319 Alès, France
*
Author to whom correspondence should be addressed.
Viruses 2019, 11(8), 723; https://doi.org/10.3390/v11080723
Received: 28 May 2019 / Revised: 26 July 2019 / Accepted: 2 August 2019 / Published: 6 August 2019
(This article belongs to the Special Issue Insect Viruses and Pest Management)

Abstract

Cydia pomonella granulovirus, in particular CpGV-M isolate, is used as a biological control against the codling moth (CM), Cydia pomonella. As a result of intensive control over the years, codling moth populations have developed resistance against this isolate. This resistance is now called type I resistance. Isolates, among them, CpGV-R5, have been found that are able to overcome type I resistance. Both CpGV-M and CpGV-R5 are used in orchards to control the codling moth. High resolution melting (HRM) has been adapted to differentiate between CpGV-M and CpGV-R5 isolates. Specific PCR primers have been designed for the CpGV p38 gene, encompassing the variable region responsible for the ability to overcome resistance. Because each amplicon has a specific melting point, it is possible to identify the CpGV-M and CpGV-R5 genotypes and to quantify their relative proportion. This method has been validated using mixtures of occlusion bodies of each isolate at various proportions. Then, the HRM has been used to estimate the proportion of each genotype in infected larvae or in occlusion bodies (OBs) extracted from dead larvae. This method allows a rapid detection of genotype replication and enables the assessment of either success or failure of the infection in field conditions. View Full-Text

Keywords: Cydia pomonella granulovirus; codling moth; biological control; resistance; high resolution melting (HRM); pe38 gene
Article on line viruses-11-00723

SCITREX en Occitanie

Posted on by

 

Ce programme de Culture Scientifique Technique et industrielle est réalisé avec la collaboration de la région Occitanie et couvre tout le territoire de la Région

SCITREX : SCIENCES TRANVERSALES EXPERIMENTALES EN OCCITANIE

C’est un programme de culture scientifique transdisciplinaire à destination des élèves de collège et lycée qui vise à valoriser

  • L’Innovation                                                                             
  • Les Sciences
  • La transdisciplinarité

 

 

 

 

 

 

 

CRISPR/Cas: stratégies de screening génomique post génome editing

Posted on by

Conférence réalisée dans le cadre du VWR tour à Nantes, le mardi 18 juin 2019 à la cité des congrès à Nantes

Conférence téléchargeable réalisée par C. Siatka

Programme de la journée

Salle 1

18.06.2019
09:45-10:30 Christian SIATKA, Généticien – Toxicologue, Directeur de l’École de l’ADN de Nîmes
18.06.2019
11:30-12:15 Christian BLEUX, Chargé de Mission ; Responsable de la cellule de contrôle des OGM manipulés en milieu confiné, Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche
18.06.2019
13:45-14:30 Dr. Franck ZAL, Fondateur, Directeur Scientifique & CEO – Hemarina Médaille de Bronze du CNRS 2001, Breton de l’Année 2018 Hemarina : Prix EY de la Start-up de l’année 2018, Victoire de l’Entreprise Innovante aux Victoires de la Bretagne 2018
18.06.2019
15:00-15:45 Fabrice RIBLET, Docteur en Chimie Physique, Fondateur du Jardin Expérimental, ancien Professeur de l’École Polytechnique Fédérale de Lausanne
Salle 2
18.06.2019
09:45-10:30 Constantin DALLOT, Docteur en Science de la Vie et de la Santé, Pharmacien spécialisé en Toxicologie Humaine et Environnementale, France Chimie (ex UIC)
18.06.2019
11:30-12:15 Capitaine Élodie HANNS, Expert Judiciaire Cours d’Appel de Versailles / Gendarmerie Nationale Sylvain HUBAC, Chef d’escadron, Chef du Service Central d’Analyse Génétique de la Gendarmerie
18.06.2019
13:45-14:30 Stéphane ORTU, Délégué Général ASPEC, réseau pour la prévention et l’étude de la Contamination
18.06.2019
15:00-15:45 Aurore GELY-PERNOT, Maître de Conférence à l’EHESP (École des Hautes Études en Santé Publique) / IRSET, Département Santé, Environnement, Travail et Génie Sanitaire

Bio-informatique appliquée: analyses de séquences NGS avec Galaxy

Posted on by

Si vous souhaitez approfondir vos connaissances sur le traitement des données issues des NGS ( Next Generation Sequencing ), nous vous proposons une séance de découvertes des traitements des données bio-informatiques associées sur Galaxy

https://usegalaxy.org   et   https://galaxyproject.org

Les études de cas sont disponibles sur notre site sous l’onglet “documents en ligne”

NGS training 2019

NGS Workshop RNAseq

Posted on by

copier ces données et suivre ces instructions sous Galaxy

  • Open the Galaxy Upload Manager
  • Click the tab Rule-based
    • “Upload data as”: Collection(s)
    • “Load tabular data from”: Pasted Table
  • Paste the table from the grey box above. (You should now see below)
  • Click Build
SampleID	Group	URL
MCL1-DL	basallactate	https://ndownloader.figshare.com/files/5053573?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-DK	basallactate	https://ndownloader.figshare.com/files/5053570?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-DJ	basalpregnant	https://ndownloader.figshare.com/files/5053567?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-DI	basalpregnant	https://ndownloader.figshare.com/files/5053564?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-DH	basalvirgin	https://ndownloader.figshare.com/files/5053561?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-DG	basalvirgin	https://ndownloader.figshare.com/files/5053558?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-LF	luminalvirgin	https://ndownloader.figshare.com/files/5053555?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-LE	luminalvirgin	https://ndownloader.figshare.com/files/5053588?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-LD	luminalpregnant	https://ndownloader.figshare.com/files/5053579?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-LC	luminalpregnant	https://ndownloader.figshare.com/files/5053582?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-LB	luminalvirgin	https://ndownloader.figshare.com/files/5053585?private_link=f5d63d8c265a05618137
MCL1-LA	luminalvirgin	https://ndownloader.figshare.com/files/5053552?private_link=f5d63d8c265a05618137

CRISPR-Cas9, OGM, éthique, où en sommes-nous ?

Posted on by

Le mardi 21mai à 19h au bar O’Flahertys, 21 Boulevard Amiral Courbet à Nîmes

La technologie CRISPR-Cas9 permettrait d’éditer les génomes à volonté. Co-fondée par Emmanuelle Charpentier (Prix Louis Jeantet, 2015), son efficacité a été démontrée par des applications variées dans l’agroalimentaire, la santé (principalement la thérapie génique, les maladies infectieuses, l’oncologie, la neurologie), mais aussi les biotechnologies et la biologie synthétique.
Évidemment, le fait de pouvoir modifier notre code génétique «à la carte» soulève de nombreuses questions sur les aspects éthiques, en particulier depuis les premières expériences sur des embryons humains…

par Christian Siatka (Directeur de l’école de l’ADN)

les réflexions de bioéthique de l’Ecole de l’ADN – 2019

Posted on by

INVITATION

Les réflexions de bioéthique de l’Ecole de l’ADN

Événement libre à accès gratuit sur inscription

le vendredi 29 mars 2019 de 14 à 17h

Sur se le site de  l’Université de Nîmes Site de de Vauban

en partenariat avec

Cet événement annuel a pour objet de faire le point sur des questions et des problématiques d’éthique liées à des interrogations citoyennes.

À ce titre, les priorités de l’école résident dans l’information du citoyen et des professionnels sur les aspects réglementaires, déontologiques et éthiques que doivent concilier les innovations scientifiques, mais également dans l’apport d’un éclairage sur les nouveaux développement scientifiques et médicaux avec les débats éthiques qu’ils soulèvent inévitablement. Dans une volonté de démarche transdisciplinaire, cet événement regroupe des spécialistes de différents horizons qui vont présenter l’état de la Science, de la Règlementation et des enjeux Bioéthiques sur plusieurs sujets d’actualité. Ces nouvelles frontières médicales et les débats qu’elles suscitent sont majeurs et concernent chaque citoyen car elles préfigurent la médecine et la société de demain.

Cette année deux thèmes seront abordés indépendamment sous forme de table ronde afin de nous éclairer sur:

  • les avancées de la génétique et diagnostic associé,
  • le devenir de l’embryon et les cellules souches embryonnaires.
Coordination: John de Vos - INSERM & Christian Siatka – Ecole de l’ADN

les intervenants :

  • Pr Philippe Berta, Université de Nîmes
  • Dr Anne Cambon Thomsen, Université de Toulouse,
  • Dr Jean Chiesa, généticien CHU Nîmes,
  • Pr John De Vos CHU montpellier,
  • Dr Vincent Grégoire-Delory, directeur de l’École Supérieure d’Éthique des Sciences et de la Santé (ESESS), Toulouse
  • Dr Christine Dosquet Présidente du Comité d’Evaluation Ethique de l’INSERM
  • Pr David Genevieve, CHU montpellier,
  • Pr Paul Landais CHU de Montpellier,
  • Dr Christian Siatka, Ecole de l’ADN

 Type de public visé : Grand public

Conditions de participation gratuité

Contact Christian Siatka – siatka@ecole-adn.fr

 

21ème édition de la Semaine du cerveau

Posted on by

En collaboration avec UNÎMES, l’École de l’ADN participe à la 21e Semaine du Cerveau qui aura lieu du 11 au 17 mars 2017 dans une centaine de pays et dans plus de 120 villes en France. L’université de Nîmes accueillera 2 conférences sur le site des Carmes les 12 et 14 mars 2019.

Depuis 1998, la semaine du cerveau s’est donné pour objectif de sensibiliser le grand public à l’importance de la recherche sur le cerveau. Durant une semaine des chercheurs, médecins et étudiants bénévoles rencontreront le public et partageront avec lui les avancées obtenues dans les laboratoires de recherche en neurosciences, en présenteront les enjeux pour la connaissance du cerveau et les implications pour notre société.

Deux conférences auront lieu à l’université de Nîmes :

  • Nouvelles approches thérapeutiques multi-cibles contre la pathologie d’Alzheimer

par Patrizia Giannoni, maître de conférences en biologie à UNÎMES, membre de l’équipe d’accueil CHROME

La maladie d’Alzheimer est aujourd’hui l’une des pathologies les plus dévastatrices et représente des enjeux sanitaires et économiques à l’échelle mondiale. La complexité de cette pathologie a rendu très difficile la recherche de traitements efficaces. Des thérapies complexes font actuellement l’objet de plusieurs études et représentent de nouvelles stratégies prometteuses dans la lutte contre la maladie d’Alzheimer.

  • Cerveau et neurologie

par Pr Eric Thouvenot, Neurologue, Chef de Service Neurologie, CHU de Nîmes

Le Professeur Eric Thouvenot, neurologue chef de service au CHU de Nîmes, fera le point sur les dernières avancées cliniques en neurologie et sur les dernières avancées diagnostiques et thérapeutiques. Il sera question de la Sclérose en Plaques, du lien entre inflammation et neurodégénérescence comme modèle de maladies neurologiques chroniques.

Informations pratiques :

Nouvelles approches thérapeutiques multi-cibles contre la pathologie d’Alzheimer

Mardi 12 mars 2019 de 18h à 19h30

Cerveau et neurologie

Jeudi 14 mars 2019 de 18h à 19h30

Site des Carmes, Place Gabriel Péri, 30000 Nîmes – Amphi A1

Conférences gratuites et ouvertes à tous

Plus d’informations : unimes.fr

Contact :

Elodie Jamet, Service Communication – communication@unimes.fr / 04 66 36 46 26

des ateliers sur la biodiversité

Posted on by

Ateliers scientifiques lycéens de février à fin avril 2019
au bénéfice du Lycée Philippe-Lamour

Madame Véronique GARDEUR-BANCEL, Adjointe au Maire de Nîmes Déléguée à l’Enseignement Scolaire est venue lancer cette inauguration en présence de notre Président le généticien Philippe Berta.

l’Ecole de l’ADN est associée à un projet coordonné par Le Muséum d’Histoire Naturelle autour de labotanique et de l’Evolution.
Cette action de culture scientifique et d’enseignement se fait au bénéfice du Lycée Philippe-Lamour et concerne 11 classes de seconde ce qui représente environ 350 élèves et ce qui est une première àl’échelle d’un lycée et de nos structures respectives.
Depuis plus d’un an, le lycée travaille sur un projet ayant pour thème « l’arbre” et le parrain de l’opération est Francis Hallé. Un arbre a été planté lors du lancement du projet en sa présence.
Une des enseignantes qui coordonne ce projet est Maryline Groussac avec qui le Muséum travaille depuisquelques années, elle est aussi responsable de la formation en SVT à la Faculté d’Education.
Les activités réalisées seront déclinées sur 3 pôles, les enseignants exploiteront et poursuivront ce travail en classe.
• Initiation à la Botanique (Comprendre la classification des grandes familles de plantes, Utiliser une clé
de détermination simplifiée, Comprendre l’intérêt des herbiers dans les Muséums).
L’atelier s’organise autour de plusieurs activités :
– Observer l’organisation d’une fleur à la loupe binoculaire et utiliser une clef simplifiée des grandes
familles ;
– Apprendre les mots de vocabulaire ;
– Déterminer une plante grâce à une clef simplifiée des plantes de garrigue ;
– Faire une planche d’herbier.
• Approche des principes de l’Evolution : Grâce au jeu le Trivial évolution, aborder de façon ludiqueles bases de la théorie de l’Evolution.
• Au coeur de la cellule : initiation à la génétique et aux biotechnologies appliquées à la botanique et à l’évolution grâce à un atelier de découverte animé par l’Ecole de l’ADN.
Ensuite, les enseignants exploiteront et poursuivront ce travail en classe.
La venue des classes commence ce vendredi 8 février et s’étale jusqu’au mois d’Avril.