ATELIERS DE GENETIQUE, ENVIRONNEMENT, SANTE, INTELLIGENCE ARTIFICIELLE, ROBOTIQUE en OCCITANIE

PROJET de Culture Scientifique Technique et industrielle

BRIEF REPORT

A mobile DNA laboratory for forensic science adapted to coronavirus SARS-CoV-2 diagnosis

Patrick Touron 1,2 & Christian Siatka 3,4 & Amaury Pussiau 2 & Sébastien Follot 2 & Thibaud Fritz 2 & Mikaël Petit 1 & Noussair Latifa 5 & Jean-Louis Herrmann 5 & Martin Rottman 5 & Antoinette Lemoine 6 & Sylvain Hubac 2,4

Received: 18 May 2020 / Accepted: 9 July 2020

# Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature 2020

Abstract

The Forensic Science Institute of the French “Gendarmerie Nationale” (IRCGN™) developed in 2015 an ISO 17025 certified mobile DNA laboratory for genetic analyses. This Mobil’DNA laboratory is a fully autonomous and adaptable mobile laboratory to perform genetic analyses in the context of crime scenes, terrorism attacks or disasters. To support the hospital task force in Paris during the peak of the COVID-19 epidemic, we adapted this mobile genetic laboratory to perform high-throughput molecular screening for coronavirus SARS-CoV-2 by real-time PCR. We describe the adaptation of this Mobil’DNA lab to assist in Coronavirus SARS-CoV-2 diagnosis.

Article en téléchargement

Touron_et_al-2020-European_Journal_of_Clinical_Microbiology_&_Infectious_Diseases

1.  PJGN, 5 Boulevard de l’Hautil, 95000 Cergy, France
2.  IRCGN, 5 Boulevard de l’Hautil, 95000 Cergy, France
3.  Université de Nîmes, 7 Place Gabriel Péri, 30000 Nîmes, France
4.  Ecole de l’ADN, 19 grand rue, Muséum d’Histoire Naturelle, 30000 Nîmes, France
5.  Assistance Publique-Hôpitaux de Paris INSERM U1173, UFR Simone Veil, Versailles-Saint-Quentin University, 78180 Saint-Quentin en Yvelines, France
6.  Département Médical Universitaire de Biologie-Génétique-Pharmacie, AP-HP, Université Paris Saclay, 78 rue du Général Leclerc, 94270 Le Kremlin-Bicêtre, France

Touron_et_al-2020-European_Journal_of_Clinical_Microbiology_&_Infectious_Diseases(4)

• Statégies de diagnostic du COVID19 par  CRISPR/Cas

  Travail bibliographique réalisé par les étudiants de licence professionnelles des métiers de la biotechnologie de Nîmes

   

  Coronavirus et Covid-19 document de l’INSERM
  

  Du simple rhume au syndrome respiratoire aigu sévère

  Covid-19 : plusieurs approches de distanciation sociale pour lutter contre l’épidémie – animation pédagogique – 2 min 30 Mise en quarantaine des malades, confinement total ou limitation des contacts avec isolement rapide des cas : autant de mesures qui ont chacune un effet sur la transmission d’un virus tel que que le SARS-CoV-2 au niveau d’une population. Leur mise en œuvre évite aux services de santé d’être submergés, aussi bien dans le cadre d’une première flambée épidémique que dans celui d’une éventuelle seconde vague.

  Toutes les informations Mises à jours de  l’Université de Harvard

  

  

  informations en ligne sur COVID-19 Infographic

  La HAS se prononce sur les tests sérologiques rapides – TDR, TROD, autotests – dans la lutte contre le COVID-19

  Communiqué de presse – Mis en ligne le 18 mai 2020

• Vidéo – Préparer son déconfinement : comment utiliser un masque ?

  Vidéo – Préparer son déconfinement : comment utiliser un masque ?

  “Masque chirurgical, fait maison en tissu ou en papier : quel que soit le type de masque dont on dispose, il ne servira à rien si on l’utilise mal et peut même s’avérer contre-productif. Retrouvez ici les explications des experts : comment utiliser un masque en vidéo et aussi comprendre les différences entre tous les types de masques qui existent sur le marché…

  Pour limiter la propagation du coronavirus le port d’un masque peut constituer une barrière supplémentaire qui limite les projections de gouttelettes contaminantes. Encore faut-il savoir l’installer !

  En vidéo, le Major Frédéric C, expert, conseiller risques NRBC (Nucléaires, Radiologiques, Biologiques, Chimiques)  au sein du groupe d’intervention en milieu dégradé, explique comment utiliser le masque chirurgical et prouve l’importance de se laver correctement les mains.”

  source: PJGN Pôle judiciaire de la gendarmerie nationale IRCGN – SCRCGN

• Le NIH a édité  des guidlines pour le traitement du COVID-19
• L’OMS donne les recommandations sur le Coronavirus
  

  Mesures de protection essentielles contre le nouveau coronavirus

  

• Le CDC aux USA donne des recommandations internationales: que faire si vous êtes atteint de la maladie du coronavirus 2019 (COVID-19)

• Biophytis: feu vert à un essai clinique au Royaume Uni
  Biophytis annonce l’autorisation par l’autorité de santé britannique (MHRA) pour démarrer son programme de développement clinique COVA qui va évaluer Sarconeos (BIO101) dans le traitement potentiel de l’insuffisance respiratoire aiguë associée au Covid-19.
  Cet essai clinique pivot international, de phase 2/3 randomisée, en double aveugle, contrôlée contre placebo, devrait démarrer dans les prochaines semaines au Royaume Uni, une fois obtenu l’accord des comités d’éthiques concernés.
  Il se déroulera en deux parties, la première ayant pour objectif d’évaluer la sécurité du traitement chez 50 patients et d’estimer le nombre à recruter dans la deuxième partie pour détecter un effet significatif de Sarconeos sur la fonction respiratoire.
• Remdesivir in adults with severe COVID-19: a randomised,
  double-blind, placebo-controlled, multicentre trial

795 essais au 22 avril 2020

• Étude sur l’innocuité et l’immunogénicité du vaccin 2019-nCoV (ARNm-1273) pour la prophylaxie du SRAS CoV-2 (COVID-19)   ClinicalTrials.gov Identifier: NCT04283461

• Enquête sérologique pandémique sur le SRAS-COV2 et prélèvement de sang    ClinicalTrials.gov Identifier: NCT04334954

mise à jour au 17/04/2020

Liste des réactifs de biologie moléculaire inscrits par l”HAS pour la détection du génome du SARS-CoV-2 par RT PCR (téléchargement)

Arrêté du 7 mars 2020 portant modification de la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale (inscription de la détection du génome du SARS-CoV-2 par RT PCR)

Version consolidée au 23 avril 2020

modalité de Détection du génome du SARS-CoV-2 par RT PCR
Les indications de prise en charge concernent les patients présentant des signes cliniques d’infection par le virus SARS-CoV-2 :
– patient suspecté d’être contaminé par ce virus selon les critères définis par l’Agence nationale de santé publique, sans signes de sévérité orientant vers une prise en charge hospitalière ;
– patient contaminé par ce virus et après disparition de tout signe clinique, dans le but de s’assurer de la fin de sa contamination (situation dite de « diagnostic de guérison »), un résultat négatif devant être confirmé par un second examen 48 heures après.
Dans ces situations :
– le prélèvement à privilégier est un prélèvement nasopharyngé des voies respiratoires hautes par écouvillonnage, ou des voies respiratoires basses (crachats ou liquide bronchoalvéolaire ) ;
– chaque prélèvement doit obligatoirement être accompagné de renseignements cliniques, en particulier ceux indiqués sur la fiche de renseignements du Centre national de référence des virus des infections respiratoires dont la grippe et notamment :
– Contexte : voyages récents à l’étranger, contact étroit avec un cas confirmé… ;
– Statut vaccinal pour la grippe saisonnière ;
– Signes cliniques évocateurs…
– Le résultat doit être transmis dans les 24 heures.
Le compte rendu doit préciser le dispositif médical de diagnostic in vitro utilisé qui doit détecter au moins deux séquences virales et disposer d’un marquage CE ou avoir été validé par le Centre national de référence des virus des infections respiratoires dont la grippe.
En cas de résultat discordant entre ces deux cibles, un nouvel examen est à réaliser à partir d’un nouveau prélèvement.
– En cas de résultat positif, le résultat et les renseignements cliniques doivent être transmis au Centre national de référence des virus des infections respiratoires dont la grippe pour que celui-ci remplisse ses missions de surveillance.
La manipulation des échantillons respiratoires doit se faire dans un laboratoire LSB2, sous PSM2, quelles que soient les activités réalisées (mise en tampon de lyse pour l’extraction des acides nucléiques, ensemencement à visée bactériologiques, cytologie des liquides type liquide bronchoalvéolaire…).

• Développement et évaluation de quatre tests sérologiques de détection d’anticorps anti SARS-CoV-2 et deux tests de détection d’anticorps neutralisants

• Covid-19 : une première étude sérologique en France et déjà beaucoup d’enseignements

•  

• Toutes les informations Mises à jours de  l’Université de Harvard

  

  

  informations en ligne sur COVID-19 Infographic
• 

  Risk Factors of Severe Disease and Efficacy of Treatment in Patients Infected with COVID-19: A Systematic Review, Meta-Analysis and Meta-Regression Analysis

  

  ACEI/ARB use and risk of infection or severity or mortality of COVID-19: A systematic review and meta-analysis

   

   

  Immunopathology Behind Cytokine Storm Syndrome in COVID by Dr Franck Mennechet

   

  Conférence Par Franck Mennechet Enseignant chercheur en immunologie de l’Université de Montpellier

• WEBINAR organisé par Horiba Medical

• 

L’Ecole de l’ADN, Centre d’Innovation en Génétique et Biotechnologie est mobilisée pour faire face à l’épidémie de COVID-19:

Le Président de l’Ecole de l’ADN, Philippe Berta est nommé à la tête d’un groupe de travail sur le recherche sur le COVID-19.

Articles de revue publiés dans Salles Propres:Publié le 19 mars 2020 : État de l’Art sur la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19)

Publié le 8 avril 2020 : Le virus SARS-CoV-2 et la maladie COVID-19 : données moléculaires

Article de revue publié par Horiba Diagnostic:

Utilisation de marqueurs biologiques pour le diagnostic et la surveillance du COVID-19

SCIENCES ET DISCRIMINATIONS

Programme de culture scientifique piloté par SCIENCE animation

75 élèves de troisième découvrent les techniques de génétiques moléculaires appliquées à l’analyse génétique des individus.

Sommes-nous tous identiques ou différents ?