Le virus SARS-CoV-2 et la maladie COVID-19 : données moléculaires

Philippe Berta^1,2 et Christian Siatka 1,2

      ¹Université de Nîmes, site des Carmes, place Gabriel Péri, 30021 Nîmes – France

         ²Ecole de l’ADN de Nîmes, Muséum d’Histoire Naturelle, 30000 Nîmes – France

article publié le 15 avril 2020 dans

Comprendre les mécanismes moléculaires utilisés par le virus permettra de dégager des stratégies de diagnostic, de prise en charge et de traitement efficace des patients symptomatiques mais aussi asymptomatiques. Après avoir proposé un point complet sur le virus SRAS-Cov-2 le 19 mars 2020, Christian Siatka de l’Ecole de l’ADN de Nîmes et Philippe Berta de l’Université de Nîmes apportent aujourd’hui un éclairage sur les données moléculaires.

Merci à Mme Béatrice Becherini, Rédactrice en chef, du magazine Salles Propres pour sa collaboration.

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PDB:6VYB

COVID-19 screening, prognosis and severity assessment with biomarkers
for management of patients

Published April 10, 2020

COVID-19 Article HORIBA

Summary
This global epidemic of coronavirus that we are currently experiencing, need an over view on the biological markers that allow the monitoring of COVID-19 disease. After a synopsis of the clinical characteristics and the management of patients, we propose a literature review of the diagnostic tests which include molecular and serological diagnosis. The aim of this document is to show the biological markers involved in screening, triage and prognosis, which involves white blood cells, platelets, Ddimer, CRP and fibrinogen. While acknowledging that these parameters are not exhaustive, they nonetheless represent essential biological markers for the management of this epidemic.

Cette épidémie mondiale de coronavirus que nous connaissons actuellement a besoin d’une vue d’ensemble sur les marqueurs biologiques qui permettent la surveillance de la maladie COVID-19. Après un synopsis des caractéristiques cliniques et de la prise en charge des patients, nous proposons une revue de la littérature des tests diagnostiques incluant le diagnostic moléculaire et sérologique. Le but de ce document est de montrer les marqueurs biologiques impliqués dans le dépistage, le triage et le pronostic, qui impliquent les globules blancs, les plaquettes, les D-Dimer, la CRP et le fibrinogène. Tout en reconnaissant que ces paramètres ne sont pas exhaustifs, ils représentent néanmoins des marqueurs biologiques essentiels pour la gestion de cette épidémie.

Christian Siatka(1,2), Marion Eveillard(3), Jun Nishimura(4), Christophe Duroux(5) and George Ferrandi (5,6)

1 Université de Nîmes, 7 Place Gabriel Péri, 30000 Nîmes – France
2 Ecole de l’ADN de Nîmes, Muséum d’Histoire Naturelle, 30000 Nîmes – France
3 CHU de Nantes, service d’hémathologie biologique, 9 quai Moncousu, 44093 Nantes-Cedex 1- France
4 HORIBA, Ltd. 2 Miyanohigashi, Kisshoin, Minami-ku, Kyoto 601-8510 – Japan
5 HORIBA ABX, Parc Euromédecine, Rue du Caducée – BP 7290, 34184 Montpellier-Cedex 4 France
6 Lead contact

COVID-19, c’est le Président et fondateur de l’Ecole de l’ADN qui est nommé à la tête d’un groupe de travail sur le COVID-19 à l’Assemblée Nationale

Source “Objectif Gard”

(Photo Norman Jardin)

Le Pr Philippe Berta, généticien Président de L’Ecole de l’ADN est Professeur à l’Université de Nîmes

« Toute la communauté de la recherche est fortement mobilisée pour une meilleure compréhension du virus et la recherche de traitements. Des financements exceptionnels ont été débloqués. Des essais cliniques sont en cours. Nous travaillons dès à présent au suivi de ces travaux, à leur accompagnement et à leur facilitation », déclare le député Philippe Berta.

La commission des Affaires culturelles et de l’éducation de l’Assemblée nationale a nommé, ce mercredi 8 avril, le Professeur Philippe Berta président du groupe de travail sur la recherche sur le COVID-19

 

Contexte            

Depuis décembre 2019 nous sommes confrontés à une épidémie mondiale liée à un virus à ARN de la famille des Coronavirus, qui induit un syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Cet agent pathogène jusque-là inconnu est appelé « Coronavirus associé au SRAS » (SRAS-CoV). L’OMS a officiellement nommé la maladie du coronavirus 2019 (COVID-19) et le groupe de travail international sur le Coronavirus (Coronavirus Study Group-CSG) propose de nommer ce nouveau coronavirus SARS-CoV-2 (en français SRAS-CoV-2), ces deux dénominations ont été publiées le 11 février 2020[1].

Formation sur le diagnostic moléculaire de COVID-19 :  détection et quantification du SRAS-CoV-2

 Pour faire face à la demande croissante de diagnostic moléculaire du COVID-19 par la détection du SARS-CoV-2 par PCR quantitative (qPCR) ou real-time PCR (RT-PCR), l’École de l’ADN centre de formation spécialisé en détection et quantification génomique par PCR quantitative propose une formation qualifiante sur le diagnostic moléculaire du COVID-19.

La formation sur 2 jours (15h) a pour objet de rendre opérationnels et autonomes tous les personnels des laboratoires d’analyses médicales, santé humaine ou animale ou autres, qui doivent mettre en œuvre le diagnostic moléculaire du COVID-19. La formation est réalisée conformément aux normes ISO 15189 ou 17025.

Contenu de la formation

–     Explication des acronymes : qPCR, RT-qPCR, RT-PCR,

• Rappels règlementaires sur les règles de manipulation en laboratoire de confinement L2,
• Les dispositifs médicaux de diagnostic COVID-19 marqués CE disponibles au jour de la formation,

–     Gestion de l’échantillon biologique, échantillonnage multi support pour la détection et la quantification

• Le principe de la PCR quantitative,
• Extraction d’ARN,
• Rétrotranscription et amplification,
• Les recommandations CE de la qPCR en diagnostic moléculaire,
• Mise en œuvre de la qPCR (préparation et gestions des réactifs),
• Validation de méthodes,
• Interprétation et rendu des résultats,

Notes

• Au cours de la formation, aucun produit biologique humain n’est manipulé
• La formation est réalisée sur des dispositifs médicaux marqués CE (selon la directive européenne 98/79/CE), voir liste en annexe : « Coronavirus (COVID-19) » en date du 29/03/20

[1] «Etat de l’Art sur maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) », Siatka C, 19 mars 2020, Salles Propres (Edition en ligne)

Etat de l’Art sur la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19)

Christian Siatka, Université de Nîmes, Directeur de l’Ecole de l’ADN

Compte tenu de cette crise sanitaire unique dans notre histoire et des dispositions qui ont été mises en place à l’échelle internationale de confinement et de lutte contre cette épidémie de coronavirus 2019, il apparaît important de faire un point complet à ce jour sur les connaissances de SRAS-Cov-2, ce virus nouveau.

ARTICLE COMPLET EN LIGNE dans le MAGAZINE SALLES PROPRES

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